阅历了骚动的明治维新，日本迎来新的时代在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，地下招徕落魄武夫，大肆收买周边土地，有条不紊地完成他的野心勃勃。在此时期，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）惹起了前新選组头目斋藤一（江口洋介 饰）的留意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）退场。旅居在神谷道场的绯村渐渐融入神谷薫（武井咲 饰）和周边庶民的平和生活之中。但是武田欲壑难平，为了维护严酷的人，剑心不得不拔出逆刃刀和相乐佐之助（青木高尚 饰）勇闯虎穴……