鬼魂军团的鬼域（中村秀利 配音）经由奥秘的暗黑医疗术，复活了具有足以祛除世界惧怕力气的魔物魍魉（加藤精三 配音），停整理以此树立阴郁的千年王国。魍魉俯身于鬼域身上，随即敕令鬼魂军团抨击打击鬼之国，希图殛毙具有封印魔物和预言死亡才华的巫女紫苑（藤村歩 配音），并预备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底衰亡。鬼之国遇袭的音讯很快传到其他列国，叶隐村的忍者也被调动起来。叫人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）授命前往保护紫苑。可是，叫人却从紫苑的口中掉掉他将死往的预言……　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画